一、怎样保护基因专利
人们从自然界找到以天然形态存在的物质，仅仅是一种发现，属于专利法第二十五条第一款第（一）项规定的“科学发现”，不能被授予专利权。但是，如果是首次从自然界分离或提取出来的物质，其结构、形态或者其他物理化学参数是现有技术中不曾认识的，并能被确切地表征，且在产业上有利用价值，则该物质本身以及取得该物质的方法均可依法被授予专利权。
由此可见，我国目前对基因产品的专利性态度是认为经过人为（分离或提纯）作用而产生的基因，若符合专利法上的三性要求，基因及基因方法都是可专利的。我国不同意对基因结构和排序发现给予专利保护的。以免以后的许多相关研究、实用工作受到制约。我国的规定还是要求申请者同时出示基因结构排序和实用性内容（比如说有确切功能的蛋白质），具备了确定的实用性才能取得专利。
专利局将基因及相关的蛋白质作为一种化合物予以专利保护。我国专利法第25条同时还规定了对疾病的诊断和治疗方法不实行专利保护，这样会使得如果某种基因作为诊断疾病的方法将不受专利法的保护。这也是世界上大多数国家的规定是一致的。为了保障人民健康和医疗事业的发展，医生能够自由地利用各种先进方法来诊断治疗疾病，将诊断或治疗疾病的方法排除在专利法的客体之外，是合乎多数人的利益和我国国情的。
二、基因诊疗方法的专利保护
我国《专利法》第25条第3项规定，对“疾病的诊断和治疗方法”不授予专利。因此，包括利用基因技术在内的所有“疾病的”诊疗方法不在专利保护之列。但非诊断和治疗目的的生理参数测定方法以及为诊疗而使用的药物、医疗器具等，在我国仍可以获得专利保护。
我国目前不对疾病诊疗方法授予专利权，其原因主要在于：
第一，从人道主义出发认为，医生的职责和医院的性质带有强烈的社会公益色彩，不宜过分强调商业营利的动机；
第二，以人体为实施对象的疾病诊疗方法受个体特质影响较大，因而缺乏可重复性，无法达到专利实用性的要求。但后一原因已不构成拒绝授予基因诊疗方法专利权的充分理由，因为就当今基因技术而言，使基因诊疗方法在不同个体的疾病诊疗中重复再现困难并不大。
另外我国卫生行政部门已对全国医疗机构作出了盈利性和非盈利性的区分。针对上述两个变化，国家专利局在专利审查实践中对基因诊疗方法的专利申请已有所松动。不过，我国人口众多、医疗水平落后、医疗费用偏高的国情，是政策制定者决定是否在该领域实施专利保护时所须思考的另一左右因素。
